Die Kirchenverwaltung ist Organ und gesetzlicher Vertreter der örtlichen Kirchengemeinde sowie Kirchenstiftung in Vermögensangelegenheiten. Sie besteht aus dem Pfarrer als ihrem Vorstand und - je nach Pfarreigröße - aus vier bis acht KV-Mitgliedern, die jeweils für sechs Jahre gewählt werden. Bei der Kirchenverwaltung geht es um ehrenamtliche Dienste, die zwar oftmals im Hintergrund geleistet werden, jedoch sowohl für den Pfarrer wie auch für den Leitungsdienst des Pfarrers unverzichtbar sind.

"Der Pfarrgemeinderat unterstützt den Pfarrer durch Beratung und Umsetzung der Beschlüsse in seinem Leitungsamt und fördert so durch aktive Mitarbeit die Seelsorgstätigkeit in der Pfarrei. Auf diese Weise nimmt er teil am Heils- und Weltauftrag der Kirche." (aus: Statut für die Pfarrgemeinderäte der Diözese Regensburg)
Bei der Pfarrgemeinderatswahl am 01.03.2026 wurde für die Pfarreiengemeinschaft Rottenburg ein Gesamtpfarrgemeinderat gewählt. Neben den hauptamtlichen Mitarbeitern gehören diesem Gremium an:

In der konstituierenden Sitzung wurde Frau Theresia Zehentbauer zur Sprecherin gewählt. Stellvertreter ist Peter Pleyer, Schriftführerin Maria Folger.

Neben dem Gesamtpfarrgemeinderat gibt es in jeder Pfarrei noch die Seelsorgeräte.